Juicebox VR

Esplora Hi-C 3D di dati di sequenziamento del genoma in un ambiente di realtà virtuale!

Juicebox VR crea una rappresentazione di realtà virtuale di dati generati dal metodo di Hi-C per tridimensionale sequenziamento del genoma. Ogni posizione 2D nel paesaggio corrisponde ad una coppia di posizioni 1D, o loci, in tre miliardi lettere lungo genoma umano. L'altezza nella posizione 2D rappresenta quanto spesso i due loci sono a contatto nel nucleo di una cellula.

Dal vicino loci frequente imbattersi in uno con l'altro, un massiccio 'muro' di contatti a corto raggio taglia in due il paesaggio. Altipiani Piazza venuta fuori la diagonale corrispondono ai domini genomiche abbreviato, chiamati domini di contatto. Picchi nel paesaggio corrispondono alle reti nel genoma. Domini di contatto sono spesso delimitate da loop, che è il motivo per cui i domini quadrati hanno spesso picchi nel loro angolo.

Il controller volerà in qualsiasi direzione si guardi. Guarda dritto per un salto super.

Juicebox VR è stato creato da Muhammad Shamim, Ido Machol, e Erez Lieberman Aiden.

I dati sono tratti da:

Suhas Rao *, Miriam Huntley *, Neva C. Durand, Elena Stamenova, Ivan Bochkov, Jim Robinson, Adrian Sanborn, Ido Machol, Arina Omer, Eric Lander e Erez Lieberman Aiden. Una mappa 3D del genoma umano a kilobase Risoluzione rivela Principi di cromatina Looping, Cell (2014).

* Contribuito in maniera uguale

Si noti che i dati utilizzati per generare il paesaggio è una regione estremamente piccolo da un, tutto il genoma mappa completa. La mappa pieno contatto per il genoma umano è un trilione di volte più grande di questa mappa.

Per saperne di più sul nostro lavoro a www.aidenlab.org.

Musica: Salita in Stellardrone

IMPORTANTE: Per visualizzare correttamente l'applicazione, un auricolare realtà virtuale, come ad esempio Google cartone, Durovis Dive, o Samsung Gear VR dovrebbe essere usato.